Les espaces naturels protégés ou aires protégées sont des espaces naturels, dont les écosystèmes sont rares et fragiles, et sur lesquels s’applique une protection spécifique à des fins de préservation de leur patrimoine naturel.
L'Union Internationale pour la Conservation de la Nature (UICN) définit un espace naturel protégé comme "un espace géographique clairement défini, reconnu, consacré et géré, par tout moyen efficace, juridique ou autre, afin d'assurer à long terme la conservation de la nature ainsi que les services écosystémiques et les valeurs culturelles qui lui sont associés".

En France, il existe différents outils de protection des espaces naturels. Ces outils sont complémentaires et peuvent se superposer pour renforcer la protection des écosystèmes. On trouve:
• les protections réglementaires qui consistent à encadrer voire à interdire des activités humaines qui peuvent perturber les milieux naturels. Elles se traduisent par la mise en place de réglementations strictes en matière de gestion de la faune, de la flore et des écosystèmes;
• les protections par maîtrise foncière ou d'usage qui consistent à acquérir ou à utiliser par le biais d'un contrat de gestion (maîtrise d'usage) des terrains afin d’assurer la protection définitive d’un espace naturel remarquable. Cette approche est privilégiée dans les zones menacées par l’urbanisation ou, à l’inverse, marquées par l’abandon de pratiques agricoles et pastorales favorables à la biodiversité;
• les protections contractuelles ou par labels qui consistent à concilier les enjeux environnementaux et socio-économiques sur les territoires. Elles visent à orienter et encadrer les activités et usages d'un espace naturel grâce à un contrat, une Charte ou une convention soit avec les propriétaires ou ayant droits soit avec des partenaires privés ou publics.

L’inventaire patrimonial des Zones Naturelles d'Intérêt Ecologique, Faunistique et Floristique (ZNIEFF) vise la connaissance aussi exhaustive que possible des espaces naturels régionaux les plus remarquables. Les ZNIEFF ne sont pas des espaces légalement protégés, mais leur prise en compte permet bien souvent de prévoir et ainsi d’éviter de futurs impacts sur la biodiversité dans les projets d'aménagements.